Program Ekstrakurikuler merupakan kegiatan yang dilaksanakan madrasah di luar jam pembelajaran. Ekstrakurikuler selain bertujuan untuk menunjang program pengajaran, juga membantu peserta didik dalam mengembangkan potensinya sesuai dengan kebutuhan, bakat dan minatnya. Kegiatan ini diadakan untuk merintis kegiatan di luar jam pelajaran sekolah. Di MTsS Nurul Hady, program Ekstrakurikuler ini sepenuhnya dilaksanakan di lingkungan Madrasah yang bertujuan positif untuk pengembangan skill yang dimiliki siswa-siswi itu sendiri. Ada beberapa Ekstrakurikuler yang dimiliki MTsS Nurul Hady, di antaranya:
Futsal
Pramuka
Marching Band
Selain program ekstrakurikuler, MTsS Nurul Hady juga memiliki program unggulan bagi siswa sebagai bentuk upaya menambah wawasan dan pengetahuan siswa. Program ini sebagai langkah strategis madrasah dalam mewujudkan generasi muslim yang sesuai dengan Visi Misi MTsS Nurul Hady. Ada beberapa program unggulan yang dimiliki MTsS Nurul Hady, di antaranya:
